É um dos assentamentos pré-históricos mais importantes do Egeu. A primeira habitação deste lugar remonta ao Neolítico tardio (IV milênio a.C pelo menos). Durante a Idade do Bronze inicial (III milênio a.C) fundou-se um assentamento de tamanho considerável que depois, na Idade do Bronze Media e Tardia (ca. 1900-1600 a.C), se ampliou e se transformou gradualmente em um dos centros urbanos e portos principais do Egeu. A extensão grande do assentamento (ca.20 hectares), o elaborado sistema de drenagem, os edifícios sofisticados de vários andares e seus magníficos frescos, móveis e utensílios são mostras de seu desenvolvimento e prosperidade. Os vários objetos importados que foram encontrados nos edifícios indicam uma ampla rede de relações externas.
O Akrotiri estava em contato com Creta e também com a Grécia continental, o Dodecaneso, Chipre, a Síria e o Egito. A existência do povoado terminou-se bruscamente no último quarto do século XVII a.C, quando seus habitantes tiveram de abandoná-lo devido aos terremotos fortes. Depois veio a erupção; o material vulcânico cubriou o povoado e a ilha inteira. Contudo, este material tem preservado até hoje os edifícios e seu conteúdo, como em Pompéia. Os primeiros indícios de habitação em Akrotiri veio à tona na segunda metade do século XIX.
No entanto escavações sistemáticas puderam começar só muito mais tarde, em 1967 pelo professor Pryridon Marinatos, sob os auspícios da Sociedade de Arqueologia de Atenas. Ele decidiu escavar em Akrotiri, na esperança de verificar uma sua teoria velha, publicada nos anos 1930: que a erupção do vulcão de Tira foi responsável pelo colapso da civilização Minoica. Desde sua morte, em 1974, as escavações continuaram sob a direção bem sucedida do Professor Christos Doumas.