При раскопках в Акротири было обнаружено важнейшее доисторическое поселение в районе Эгейского моря. Первые поселенцы в этих землях датируются поздним неолитом (не менее, чем 4 000 лет до н.э.).
Во времена Раннего Бронзового века (3000 лет до н.э.) было основано большое поселение, которое к середине и концу Бронзового века (между 20-17 веками до н.э.) стало одним из самых развитых городов и портов Эгейского региона.
Большая площадь поселения (около 20 гектар), детально разработанная дренажная система, сложные многоэтажные строения с изумительными настенными росписями, а также мебель и сосуды, говорят о невероятном развитии и процветании города.
Найденные в поселении предметы неместного производства свидетельствуют о широкой сети международных связей города
Акротири имел тесные связи с Критом, также имелись отношения с материковой Грецией, островами Дедеканес, Кипром, Сирией и Египтом.
Совершенно неожиданно жизнь города прервалась в конце 17 века до н.э., когда жителям пришлось покинуть свои дома в результате ряда сильных землетрясений, которые повлекли за собой извержение вулкана. Под слоем вулканических камней оказались и город, и весь остров. Однако так же, как в Помпеях, благодаря толстому слою вулканических камней все здания и предметы прекрасно сохранились. Существование поселения в Акротири стало очевидным во второй половине 19 века.
Однако систематические раскопки начались значительно позже, в 1967 году, профессором Спиридоном Маринатосом под покровительством Археологического общества в Афинах. Он решил начать раскопки Акторири в надежде проверить свою старую, опубликованную в 1930 годах, теорию о том, что извержение вулкана Тиры стало причиной гибели минойской цивилизации. После смерти профессора в 1974 году раскопки продолжились под руководством профессора Кристоса Думаса.